ศูนย์ภูมิภาคเทคโนโลยีอวกาศและภูมิสารสนเทศ ภาคกลางและภาคตะวันตก มหาวิทยาลัยมหิดล แบ่งโครงสร้างการบริหารออกเป็น 2 ส่วน คือ คณะกรรมการขับเคลื่อนความร่วมมือระหว่างสำนักงานพัฒนาเทคโนโลยีอวกาศและภูมิสารสนเทศ (องค์การมหาชน) และมหาวิทยาลัยมหิดล และคณะกรรมการบริหารศูนย์ภูมิภาคเทคโนโลยีอวกาศและภูมิสารสนเทศ ภาคกลางและภาคตะวันตก
คณะกรรมการขับเคลื่อนความร่วมมือระหว่าง สำนักงานพัฒนาเทคโนโลยีอวกาศและภูมิสารสนเทศ (องค์การมหาชน) (สทอภ.) และมหาวิทยาลัยมหิดล ทำหน้าที่กำกับดูแลและสนับสนุนเชิงนโยบาย
คณะกรรมการบริหารศูนย์ ทำหน้าที่อำนวยการและดำเนินการปฏิบัติงานของศูนย์ โดยจัดทำแผนปฏิบัติงานและแผนการใช้จ่ายงบประมาณ และรายงานผลการปฏิบัติงานประจำปี แก่คณะกรรมการขับเคลื่อนฯ โดยมีโครงสร้างของคณะกรรมการบริหารศูนย์ ดังภาพ

