คณะกรรมการขับเคลื่อนความร่วมมือระหว่าง สำนักงานพัฒนาเทคโนโลยีอวกาศและภูมิสารสนเทศ (องค์การมหาชน) (สทอภ.) และมหาวิทยาลัยมหิดล ทำหน้าที่กำกับดูแลและสนับสนุนเชิงนโยบาย และมีคณะกรรมการบริหารศูนย์ ทำหน้าที่อำนวยการและดำเนินการปฏิบัติงานของศูนย์ โดยจัดทำแผนปฏิบัติงานและแผนการใช้จ่ายงบประมาณ และรายงานผลการปฏิบัติงานประจำปี แก่คณะกรรมการขับเคลื่อนฯ โดยมีโครงสร้างการบริหาร (ดังแผนภาพ)